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Heat
Lab

记生信和 AI 计算的地方,写给自己看的居多。我的实验台不在台面上,在服务器风扇和散热片旁边。

Heat Lab 不是什么正经名字,是我自己给一类生信任务起的绰号:算得多、跑得久,最后先撑不住的往往不是我,是机器。

wet lab 靠的是移液枪、培养皿、跑胶。

dry lab 靠的是代码、参数、一堆结果图。

heat lab 差不多就是把数据扔给服务器,然后自己在旁边盯进度条,听风扇声一档一档往上爬。真要说实验台在哪,大概就是那块烫手的散热片。

麻烦大多出在这几步

  1. 01
    算力总是差一口气

    单机跑不动就换集群、上 GPU,再不够就只能去云上排队——申请、审批、等资源,这一套流程走下来有时候比任务本身还磨人。

  2. 02
    等着等着就开始心虚

    短的几小时,长的能挂好几天。中途总忍不住去翻一眼日志,生怕是哪个参数写岔了,白跑一趟。

  3. 03
    机器是真的会热

    CPU、内存、GPU 一起顶满的时候,风扇转速比谁都诚实。

什么活儿最容易把机器跑热?

  • 单细胞数据一多,几十万个细胞一起整合聚类,Seurat 或 Scanpy 跑到中后段,内存和 CPU 基本是一起吃满的。
  • 全基因组测序做变异检测,比如 GATK HaplotypeCaller,样本数一上来,工作站就没什么喘息空间了。
  • 跑 AlphaFold 做结构预测,或者训练基因表达预测模型,epoch 数一多,显卡风扇通常是第一个扛不住的。

说白了 heat lab 也还是 dry lab,只是刚好碰上比较费机器的那种活。下次要是看见谁对着进度条发呆,背后服务器嗡嗡响个不停,大概就知道他在干嘛了:

"嘘,他在做 heat lab 实验。"
heat lab / dry lab at full temperature